在人类世界的某个角落，存在着一个名为都市传说的神秘组织。这个组织由一群被称为超能力者的个体组成，他们拥有超越常人的能力，却因为各种原因而无法融入普通社会。而在这个世界中，魔法与科学并存，两者之间存在着微妙的平衡。

故事的主人公是一位名叫上条当麻的普通高中生。他拥有一种特殊的能力——能够随意触碰任何物体，并使其移动。这种能力在他小时候的一次意外中几乎夺去了他的生命，因此他一直小心翼翼地隐藏着自己的能力。

某一天，上条当麻在回家的路上意外卷入了一场魔法与科学的较量。这场较量的主角是都市传说组织的两大势力——魔法使和科学使。魔法使们拥有强大的魔法力量，而科学使则依靠先进的科技手段对抗魔法。

在这场较量中，上条当麻结识了一位名叫御坂美琴的魔法使。她拥有强大的电磁操控能力，是魔法使中的佼佼者。美琴却因为自己的能力而感到孤独和痛苦。上条当麻的出现，让她感受到了久违的温暖。

与此科学使们也在积极寻找能够对抗魔法的新技术。他们发现了一种名为超能力者的神秘物质，这种物质能够赋予人类超能力。这种物质却存在着巨大的风险，一旦失控，将给世界带来毁灭性的灾难。

随着故事的发展，上条当麻和御坂美琴逐渐了解到，这场魔法与科学的较量背后隐藏着一个更大的阴谋。原来，一个名为英灵殿的神秘组织正在暗中操控这一切，企图利用魔法和科技的力量，实现他们统治世界的野心。

为了阻止英灵殿的阴谋，上条当麻、御坂美琴以及其他超能力者们组成了一个名为超能力者联盟的组织。他们与科学使们联手，展开了一场跨越世界的冒险。在这场冒险中，他们不仅要面对强大的敌人，还要克服内心的恐惧和迷茫。

经过一系列惊心动魄的战斗，上条当麻和伙伴们终于揭开了英灵殿的真相。原来，英灵殿的领导者是一位拥有强大力量的魔法使，她曾因一场悲剧而发誓要改变这个世界。她的手段却过于极端，最终导致了这场灾难。

在最后的决战中，上条当麻和伙伴们成功击败了英灵殿的领导者，拯救了世界。这场战斗也让他们付出了巨大的代价。在经历了生死考验后，上条当麻和御坂美琴的感情也变得更加深厚。

《魔法禁书目录》以其独特的世界观和精彩的剧情，展现了魔法与科学之间的较量，以及人性的光辉。在这场跨越世界的冒险中，我们看到了勇气、友情和爱情的力量，也感受到了生命的脆弱和珍贵。这部作品不仅是一部精彩的奇幻小说，更是一部关于成长与救赎的史诗。